Vamos a mencionar sólo dos posibilidades:
Titus Cyberbit Unicode tiene 32.910 caracteres. Desarrollada por el Proyecto Titus. Es gratuita para uso no comercial y se puede descargar aquí.
Alphabetum de Juan José Marcos con más de 5.000 caracteres cubre la mayoría de las necesidades de los indoeuropeístas.